菲律宾保障措施主管机关是贸易和工业部秘书处;涉及农产品保障措施的主管机关为农业部秘书处(上述机构简称秘书处)。秘书处作为保障措施主管机关除主管保障措施工作外还承担有关保障措施的咨询、指导和技术支持等方面的工作。另外菲律宾关税委员会执行保障措施的正式调查。根据菲律宾保障措施法及其实施规则，菲律宾保障措施调查的分工及程序主要有几个方面，包括一般保障措施的发起、初裁决定和临时保障措施、正式调查和产业损害裁定、最终措施决定和最终保障措施。

一、一般保障措施的发起

菲律宾一般保障措施的发起有几个途径：(1)根据申请人的申请而发起;(2)根据总统的请求而发起;(3)根据上议院或下议院农业委员会或贸易商业委员会的决议而发起;(4)如果没有申请，但有证据证明某种产品的进口构成国内产业受到严重损害或严重损害威胁的实质原因时，秘书处也可以自行发起保障措施调查。

菲律宾任何自然人或法人，如果能够代表国内产业都可以向秘书处提出保障措施调查书面申请，请求采取措施以补救国内产业因进口增加所受到的严重损害，或阻止严重损害威胁的发生。申请人在提交书面申请时应同时提交国内相似或直接竞争产品的进口产品的进口数量增加、国内产业陷入严重损害境况或面临严重损害威胁、产品进口数量增加和国内产业损害之间存在因果关系的证据。申请人提出保障措施调查申请的同时寻求临时保障措施的，申请人应当说明存在实施临时保障措施的紧急情况及其相关信息，包括：请求实施临时保障措施的声明、继续进口在后续60天内给国内产业造成的影响、请求采取临时保障措施的措施形式和内容，包括所寻求提高关税的类型和提高幅度。保障措施的书面申请应当在贸易和工业部秘书处进行登记，涉及农业产品的应当在农业部秘书处进行登记。