行政程序包括实施行政行为所应遵循的方式、步骤、顺序、时限等，符合法定行政程序是具体行政行为的合法要件之一。传统观点认为，人民法院对于违反法定程序的具体行政行为应一律判决撤销，行政机关的行政行为程序违法而实体正确的，可以同时判决其重新作出具体行政行为。然而，司法实践显示，该观点并非完全科学、可行。
　　行政程序种类繁多、性质各异、目的有别，对相对人权益的影响程度亦不相同。行政程序有的专为保护相对人权益设定，有的专为行政效率设定而与相对人权益无直接关联，有的则兼顾相对人权益保护和行政效率但侧重不同。当行政主体实施行政行为时违反法定程序，但对相对人权益并无影响；或者有程序违法问题的行政行为已授予相对人某种权益，而相对人享有这种权益符合法定条件；或者行政行为程序违法使相对人的程序权利受到轻微损害，但行政效率与公共利益更值保护时，为何非要一律撤销呢？鉴于行政程序本身固有的多样性与复杂性，世界各国对行政程序的司法审查及其法律后果的确定都区别对待。如英国以“自然公正原则”和“程序上的越权”为理由审查行政程序，违反前者，法院视对当事人有无重要影响而决定是否宣告行为无效或撤销行政行为；后者指行政行为违反成文法规定的程序，区分强制性程序和任意性程序，违反强制性程序的导致行政行为无效。《西班牙公共行政机关及共同的行政程序法》第四章规定，行政行为“完全偏离依法建立的程序”的完全无效，行政行为“形式上的瑕疵只有在行为缺少实现其宗旨所必须的正式手续或引起利害关系人无自卫能力时才能确定其可予撤销”，并规定“行政机关可以通过纠正瑕疵，确认可予撤销的行为重新有效”等。
　　考虑行政程序本身的特点，借鉴国外规定，笔者认为，我国对行政程序的合法性审查亦应区别情况进行，并应根据不同情况相应确定撤销、确认违法或无效、责令补正、不影响行为效力等不同法律后果。
　　一、区别基本程序与非基本程序
　　基本程序一般是指能够影响行政行为效力的程序，如行政处罚中的告知、听证、送达程序等。基本程序对行政相对人的权益保护有着直接的影响，行政机关作出行政行为时必须遵守。基本程序缺少或严重不符法律规定，行政行为构成违法，应予撤销；行政行为不具有可撤销内容的，应依法确认其违法；被诉行政行为因基本程序缺少或不符法律规定而依法不成立或者无效的，应判决确认其无效。非基本程序则指不影响行政行为效力的程序，这类程序的设立，虽有利于当事人权益的保护，但主要是为提高行政效率。违反非基本程序，不影响行政行为的效力。如行政处罚法第四十条规定，宣告行政处罚决定书时当事人不在场的，行政机关应当在七日内依照民事诉讼法的有关规定，将行政处罚决定书送达当事人。其中，七日时限是非基本程序，如果行政机关在七日后送达，该处罚决定的效力并不因此而受影响。
　　二、区别外部行政程序与内部行政程序
　　外部行政程序是在行政机关与行政相对人之间发生程序权利义务关系的程序。外部行政程序直接与行政相对人发生关系，是行政程序合法性审查的重点。违反外部行政程序，被诉具体行政行为一般应予撤销；内部行政程序仅在行政机关内部或行政机关之间发生关系，一般不直接涉及行政相对人，往往不属于行政程序的合法性审查范围。违反内部程序，一般不影响行政行为的对外效力。但是，内部程序也不是绝对不直接影响相对人的权益。直接涉及相对人权益的内部程序属于司法审查范围，违反该程序的，行政行为因程序违法将产生撤销或确认违法的法律后果。如税收征收管理法第四十条规定，纳税人经税务机关责令限期缴纳后逾期仍未缴纳的，经县级以上税务局（分局）局长批准，税务机关可以扣押并拍卖其价值相当于应纳税款的商品，以拍卖所得抵缴税款。其中，县级以上税务局（分局）局长批准内部程序直接涉及相对人权益，如未经批准，该扣押行为程序违法，应予撤销。人民警察法第九条第二款规定，对盘问人的留置时间自带至公安机关之时起不超过二十四小时，在特殊情况下，经县级以上公安机关批准，可以延长至四十八小时。县级以上公安机关的批准虽为内部程序，但直接影响相对人权益，如未经批准，延期留置违反法定程序，应确认其违法。
　　三、区别羁束行政程序与自由裁量行政程序
　　羁束行政程序，是指法律明确规定了行为的形式、步骤、顺序、时限和适用条件，行政机关必须严格按照法定要求加以遵循的程序，如较大数额罚款的听证程序等。行政程序大多为羁束程序，违反羁束程序往往构成程序违法，行政行为应予撤销或确认违法；由于行政事务纷繁复杂，特定条件下法律亦允许行政机关自行权衡并选择行为的步骤、顺序和形式，此类为自由裁量程序。例如，《工商行政管理机关行政处罚程序暂行规定》第三十九条规定，工商行政管理机关实施行政处罚前，告知相对人拟作出处罚的事实、理由、依据和享有的陈述、申辩、听证权利时，可以采取口头形式告知，也可以采取书面形式告知。在不违背法律授权目的和行政程序基本原则的前提下，行政机关对自由裁量程序的选择不构成违法。
　　四、区别授益行政行为程序与负担行政行为程序
　　以行政行为对相对人所造成影响之利与不利为标准，可以把行政行为分为授益行政行为与负担行政行为。对于那些赋予相对人某种权益，或解除其某项义务的授益行政行为，如行政许可、发放救济、减免税金、行政奖励等，基于对相对人信赖利益的保护，虽程序有缺陷或违法，但如果实体正确，相对人保留该权益符合法定条件，或相对人因该授益行政行为的作出而采取了相应行动，致使撤销该行为可能使相对人处于极不利的境地时，除非相对人有欺诈、贿赂等重大过错，授益行为不应撤销，程序问题应由行政机关补正。例如，规划许可行为程序违法，但实体上符合城市规划，或相对人依该许可已投入大量资金开工建设，撤销许可将导致不可挽回的损失，行政行为均不应撤销。负担行政行为则以剥夺、限制行政相对人某种权益，或以附加某项义务为内容，如行政处罚、行政强制、行政征收等，程序违法往往不利于相对人权益保护，应予撤销或确认违法。
　　五、区别重大程序瑕疵与轻微程序瑕疵
　　程序瑕疵直接影响行政行为内容完整或直接影响相对人权益的，为重大程序瑕疵。重大程序瑕疵直接影响行政行为的效力，被诉行政行为一般应予撤销或确认违法；轻微程序瑕疵对相对人权益不会产生实质影响或影响极小，不影响行政行为内容的完整性，因而不影响行政行为效力。
　　如行政处罚法第三十四条规定，依简易程序作出当场处罚时，执法人员当场向当事人交付的格式处罚决定书，应当载明当事人的违法行为、行政处罚依据、罚款数额、时间、地点以及行政机关名称，并由执法人员签名或者盖章。当场交付的处罚决定书未载明当事人的违法行为或行政处罚依据等事项的，直接影响行政行为内容的完整，影响当事人权益，属于重大瑕疵，处罚决定应予撤销；如仅仅缺少执法人员签名，不影响处罚决定的内容完整，对当事人影响极小，属轻微瑕疵，不影响处罚决定效力。
　　六、考虑国家利益和社会公共利益的保护
　　行政行为程序违法，但撤销该行为不利于国家利益或社会公共利益的，不应撤销。如因国家大型工程的征地，征用程序违法，撤销征用行为可能造成损害国家利益或社会公共利益，不宜采用，应作出“情势判决”，确认其违法而不予撤销，使其仍保持效力，同时判令行政机关补正，造成损害的依法判决承担赔偿责任。
　　需要指出的是，某些行政行为虽有程序违法情形而不撤销或宣告无效，行政行为效力不受影响，这并非意味着这种程序违法行为就不受追究。
　　现代法治要求违法必究，一切程序违法行为均应追究其法律责任。只是基于程序价值之考虑，对程序违法应区分不同情况分别处理，不能陷入形式主义，一律予以撤销或宣告无效，以免影响行政效率，也有碍于相对人权益保护。行政行为程序违法虽未撤销或宣告无效，行为效力不受影响，但应承担其他法律责任。如行政处罚法第五十五条、行政复议法第三十四条均规定，程序违法的，由上级机关或有关部门责令改正；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。人民法院也可以据此发出司法建议。