专利执法部门通常是指管理专利工作的部门，具体而言是指由省、自治区、直辖市人民政府以及专利管理工作量大又有实际处理能力的设区的市人民政府设立的管理专利工作的部门。国务院专利行政部门应当对管理专利工作的部门处理专利侵权纠纷、查处假冒专利行为、调解专利纠纷进行业务指导。可见，地方各管理专利工作的部门受国务院专利行政部门统一领导，他们之间属于上下级的关系。在现行体制下，国务院专利行政部门是国家知识产权局，地方管理专利工作的部门是指地方市场监督管理局或者知识产权局。

　　管理专利工作的部门对专利侵权纠纷有权采取以下措施：

　　一、进行调解或组织和解

　　未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决，不愿意协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以请求管理专利工作的部门处理，进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解。管理专利工作的部门应当事人请求，还可以对以下专利纠纷进行调解：

　　(1)专利申请权和专利权归属纠纷;

　　(2)发明人、设计人资格纠纷;

　　(3)职务发明创造的发明人、设计人的奖励和报酬纠纷;

　　(4)在发明专利申请公布后专利权授予前使用发明而未支付适当费用的纠纷;

　　(5)其他纠纷。

　　二、责令停止侵权

　　管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉;侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。

　　三、责令改正

　　假冒专利的，除依法承担民事责任外，由负责专利执法的部门责令改正并予公告。此外，专利权人在其专利产品或者该产品的包装上标明专利标识的，不符合规定的。由管理专利工作的部门责令改正。

　　四、调查、查封、扣押等措施

　　负责专利执法的部门根据已经取得的证据,对涉嫌假冒专利行为进行查处时，有权采取下列措施：

　　(一)询问有关当事人，调查与涉嫌违法行为有关的情况;

　　(二)对当事人涉嫌违法行为的场所实施现场检查;

　　(三)查阅、复制与涉嫌违法行为有关的合同、发票、账簿以及其他有关资

　　料;

　　(四)检查与涉嫌违法行为有关的产品:

　　(五)对有证据证明是假冒专利的产品，可以查封或者扣押。

　　管理专利工作的部门应专利权人或者利害关系人的请求处理专利侵权纠纷时，可以采取前款第(一)项、第(二)项、第(四)项所列措施。

　　负责专利执法的部门、管理专利工作的部门依法行使前两款规定的职权时，当事人应当予以协助、配合，不得拒绝、阻挠。

　　五、没收违法所得、罚款

　　假冒专利的，由负责专利执法的部门没收违法所得，可以处违法所得五倍以下的罚款;没有违法所得或者违法所得在五万元以下的，可以处二十五万元以下的罚款。

　　管理专利工作的部门在处理专利纠纷时，还涉及到具体管辖的问题，当事人请求处理专利侵权纠纷或者调解专利纠纷的，由被请求人所在地或者侵权行为地的管理专利工作的部门管辖。两个以上管理专利工作的部门都有管辖权的专利纠纷，当事人可以向其中一个管理专利工作的部门提出请求;当事人向两个以上有管辖权的管理专利工作的部门提出请求的，由最先受理的管理专利工作的部门管辖。管理专利工作的部门对管辖权发生争议的，其共同的上级人民政府管理专利工作的部门指定管辖;无共同上级人民政府管理专利工作的部门的，由国务院专利行政部门指定管辖。